El 25 de mayo de 1948 se funda el Club Atlético Malagueño con la plantilla del Club Deportivo Santo Tomás como base del nuevo equipo, para convertirlo en filial del Club Deportivo Málaga. En junio de 2003 el filial del equipo, el Málaga B, hoy denominado Atlético Malagueño, asciende a Segunda División, y el equipo de categoría juvenil se proclama campeón de España. Pese a las expectativas creadas en torno a su figura no logró cuajar un buen mundial, desentonado con el resto del equipo, y sin marcar un solo gol. Las gradas de tribuna y preferencia quedaron cubiertas, mientras que las gradas de fondo y gol sufrieron mejoras en los accesos y los asientos. El equipo ya era conocido por los seguidores malaguistas como el Super Málaga, debido a los jugadores de fama contrastada que estaban presentes en su plantilla. Al año siguiente el proyecto del Málaga CF fracasa y el equipo desciende a Segunda División como último clasificado, con sólo 24 puntos y cinco victorias en la Liga.
Los esfuerzos del club durante todo el año 1992 por acogerse al plan de saneamiento con el que la Liga de Fútbol Profesional pretendía salvaguardar a los clubes de fútbol españoles más endeudados habían sido inútiles. La temporada fue convulsa, incluyendo destituciones de entrenadores y rebelión de futbolistas contra el club. En la temporada 2012/13, el Málaga realiza el mejor arranque de su historia en liga con tres victorias y un empate. El 6 de diciembre debutó en Liga de Campeones en una victoria por 3 a 2 ante el Borussia Dortmund. En verano de 2012 el club, en un comunicado oficial, anunció una reestructuración interna para adaptarse a los estándares del Fair Play financiero, con intención de garantizar la autosuficiencia y la estabilidad de la entidad. Ese verano el Málaga disputó la Peace Cup 2009, un torneo amistoso internacional, siendo una de las sedes el estadio La Rosaleda. Para promover nuevos jugadores procedentes de la cantera, el club dispone de dos equipos de juveniles federados, equipacion real madrid 2020 cada uno en una categoría diferente. En los albores de la temporada 1987/88 llega a la presidencia del club el empresario Francisco García Anaya. Para intentar incrementar los ingresos del club, la directiva presidida por García Anaya logra firmar un contrato de publicidad con la empresa francesa de telecomunicaciones Alcatel.
La retirada del fútbol en activo de Juanito en junio de 1989 sirvió como precedente destacado a una temporada 1989/90 en la que el club terminó en decimoséptima posición y se vio abocado a jugar una promoción de permanencia. La temporada 1990/91 en la categoría de plata supuso un intento desesperado por ascender a Primera División manteniendo buena parte de la plantilla que había descendido y asumiendo riesgos más altos para la cada vez más maltrecha economía del club. El 6 de septiembre de 2006, día en el que España perdió contra Irlanda del Norte en Belfast, y poco después de alcanzar las 100 internacionalidades con la selección, Raúl deja de entrar en los planes del seleccionador, Luis Aragonés. Aquel día el Racing estrenó su patrocinador enfrentándose al Real Madrid, equipo que posteriormente también patrocinaría la marca. ↑ Página oficial del Real Madrid (31 de agosto de 2011). «Adiós de Lass Diarra».
Tras una angustiosa temporada (2009/10), el equipo consiguió la permanencia en la última jornada de liga, el 16 de mayo de 2010, después de empatar (1-1) frente al Real Madrid en La Rosaleda. Una publicación que ya acumula casi 40.000 likes (la cuenta de la marca tan solo tiene 8.000 seguidores) y que sin duda se convertirá en el mejor reclamo. Amarilla para Olivera 19:41 Minuto 9 – VILLARREAL – MALLORCA: Falta que pone Cazorla directamente a las manos de Reina 19:40 Minuto 8 – GETAFE – ESPANYOL: ¡ Isco Alarcón y la incorporación más cara de la historia del club, Santi Cazorla, contratado por veinte millones de euros y procedente del Villarreal CF. El escudo actual fue creado en el año 2003 y se trata de un blasón aguzado en la punta, en cuyo centro aparece una cinta con el nombre del club y un balón de fútbol. Después de una temporada 2017-18 caracterizada por el colapso deportivo e institucional, el club desciende a Segunda División tras diez temporadas en la máxima categoría. En su lugar, llegó el delantero panameño del Real Oviedo, Julio César Dely Valdés, que formó una dupla letal conocida como la Doble D junto con el uruguayo Darío Silva.