El 28 de abril de 1940, el equipo dirigido por Ricardo Zamora se adjudicó el título de campeón de la primera división por primera vez en su historia. Una semana después, en Vallecas, los colchoneros vencieron por 8-1 completando un global de 13-2, máximo conseguido hasta ahora en la historia de la Copa. Aquel año, el club debió afrontar una nueva competición creada en el fútbol español: la Copa de Campeones. Su culminación esta prevista para el 2017, junto con una academia de fútbol, ocho nuevos campos de fútbol y una sala polivalente para los jugadores de balonmano y baloncesto. El presidente de la UEFA, Artemio Franchi, declaró que «no creo que haya nadie que ostente más títulos de honor por su labor en pro del fútbol que él». El Aviación exigía al club que se uniese a él imponer su nombre, su escudo, los colores de su uniforme, el 50% de los directivos y el presidente.
Entonces ya ejercía de presidente del Atlético Aviación Manuel Gallego Suárez-Somonte, ya que Luis Navarro había sido asignado por el ejército del aire en la Embajada de España en Roma. En los cuartos de final, también le tocó al Atlético Aviación un Segunda División, en este caso el recién ascendido Real Sociedad. Sin embargo, antes de que este período comenzara en toda la regla, debería enfrentar primero la Copa del Mundo de Inglaterra en 1966. Esta vez la logística para la preparación de Brasil fue desastrosa. Durante todo el mes de septiembre, el equipo disputó amistosos de preparación para que, al finalizar el mes, estuviesen listos y a punto para comenzar la Liga. Aquel año, el Athletic Aviación debía haber disputado la liga de Segunda División, debido a que acabó en puestos de descenso durante la anterior campaña. Seguir rigiéndose por la normativa del antiguo Athletic de Madrid. Las negociaciones no fueron fáciles, ya que el Nacional de Madrid también estaba interesado en fusionarse con ellos. Por otro lado, el club Aviación Nacional fue creado a mediados de 1937 en Salamanca, nueva camiseta real madrid con el objetivo de entretener a los soldados y disputar partidos benéficos. El Aviación Nacional buscaba un club con el que fusionarse para poder disputar así partidos de Primera División, ya que de otra forma la Federación no lo permitiría.
Durante la década de los años 30 disputaron un total de doce partidos de Liga, un partido de Copa y dos amistosos. El 3 de diciembre de 1939, arrancó de nuevo la Liga tras tres años de parón. En diciembre de 2008, el Grupo Árbol pasa a denominarse Grupo Globomedia, con el objetivo de aprovechar la imagen de la marca Globomedia. Tras la decepción liguera, el Atlético se fijó como objetivo la Copa, una competición que nunca se le había dado bien. En octavos de final, el rival del Atlético Aviación fue el Betis, séptimo en segunda. Como campeón de liga estuvo exento de los dieciseisavos de final, así que accedió directamente a octavos. La construcción del espacio se plantea como una gran arboleda que contiene varios paisajes, algunos más naturales y otros más construidos, configurados por una variación de especies, alturas, densidades y texturas. Precedente de la actual Supercopa de España, enfrentaba al campeón de liga con el campeón de la Copa del Generalísimo, en una final a doble partido.
Los ocho equipos clasificados disputaron una serie de eliminatorias a ida y vuelta, hasta decidir los dos equipos clasificados para la final de Ámsterdam. Militaba en Segunda División, no tenía jugadores (apenas media docena), tampoco tenía dinero pero sí una deuda de más de un millón de pesetas, y el Estadio de Vallecas se encontraba totalmente destruido por los daños de la guerra. En la vuelta, el 15 de septiembre, el Español se vio arrasado por el conjunto colchonero, que venció de forma contundente por 7-1 en el estadio de Vallecas. En la ida, el 1 de septiembre de 1940, el Athletic Aviación empató a tres goles con el Español de Barcelona en Sarriá. El Barcelona se alzó con el título por quinta vez en su historia, tras vencer en la final de Berlín a la Juventus por 3-1, igualando los cinco títulos conquistados por Bayern y Liverpool. 22 de septiembre, el Barcelona derrotó al Granada en casa 2-0 tras un gol tardío de Xavi en el minuto 87′ y un autogol en el descuento para sellar la victoria. Habitualmente es el primer partido que disputa el equipo en casa cada temporada, y tiene el aliciente de la presentación de la plantilla de jugadores con la que contará el club esa temporada.