La temporada 2012/13 fue bastante peor que la anterior, tras una nefasta primera vuelta (fueron colistas en la jornada 18) el equipo comenzó a remontar y se salvó en la penúltima jornada ganando 2-1 al Sevilla en el Reyno de Navarra. En los dieciseisavos de final, el Athletic se emparejó con el CD Logroño, camiseta real madrid un equipo de Tercera División. Sevilla sin poder acceder a una fase final vencida por el Español Foot-Ball Club gaditano.
